どうやらgulpのtaskの画像圧縮するタスクのgulp-imageminでsvgoでSVGを圧縮する際に、viewboxの記述を消してしまうそうで、そうするとIEで挙動がおかしくなる模様。
のように、
imagemin.svgo({
plugins: [
// viewBox属性を削除する(widthとheight属性がある場合)。
// 表示が崩れる原因になるので削除しない。
{ removeViewBox: false }
と、ただsvgoの記述するだけではなくてviewboxの設定はfalseにするように設定しなければいけないですね。